瘘是一种病理名词，正式名称叫瘘管。系指人体内部器官通过不正常的管道与其它器官或外界相通，该管道内壁衬有上皮细胞或肉芽组织，所以不会自行闭死，医学上将这种管道称作瘘管。瘘可以是先天的，也可以是后天形成的，后天性瘘绝大多数与患处感染有关。新生儿患肛瘘可能是由于肛窦炎、全身或邻近肛门处化脓性感染、免疫力低下、先天性肛瘘等原因引起。

①肛窦炎，这是新生儿常见病之一，也是新生儿形成肛瘘最主要的原因。肛窦的炎症因肛门括约肌收缩，影响炎性分泌物(包括脓液)排泄，使炎症可以扩散至直肠、肛门周围，进而形成肛周脓肿，由于肛门周围距离皮肤和邻近器官(如女婴的外阴和阴道)的粘膜很近，所以一旦形成脓肿，就等于瘘管形成，瘘管的内口位于直肠壁上，而外口位于皮肤或其它器官的粘膜处，脓肿则在脓液流出后形成连接内外口的管道。

②全身或邻近肛门处化脓性感染，可以并发肛周感染。有人认为有些新生儿雄性激素分泌过多，刺激肛周皮脂腺，使其分泌旺盛导致继发感染。

③免疫力低下：患儿比健康的新生儿(免疫力弱、尚未成熟)的抵抗力差，易发生败血症和局部感染，容易患上肛瘘。

④先天性肛瘘：有专家认为是胎儿阶段直肠阴道隔发育异常所致，特别是女孩直肠前庭瘘和直肠阴道瘘很可能在小儿出生时已存在，而于生后表现症状。