治疗新生儿的巨细胞病毒，一般是需要先评估婴儿具体的身体状况，同时结合病情的发展程度，制定合适的治疗方案，保证药物剂量的适度，正常情况下需要采用抗病毒药物，从而抑制病毒的发展。另外，需要合理的安排新生儿所生活的环境，保持空气清新，卫生清洁。