肝脓肿预防要控制血糖，提高机体的正常免疫功能，注意卫生。
预防普通细菌引起的肝脓肿，要控制好血糖，提高机体的正常的免疫功能，阻断细菌进入肝脏的渠道，细菌能被肝脏有效的消灭。
阿米巴滋养体引起的肝脓肿是特殊的肝脓肿，阿米巴滋养体是寄生虫性的，需要特殊的药物对症治疗，预防要注意平时的卫生，饭前洗手，便后洗手，注意饮食卫生。
真菌性肝脓肿是少见的肝脓肿，见于肿瘤病人晚期的和糖尿病病人伴发严重感染的免疫功能低下的，真菌进入血液循环，在肝窦停留引起的真菌性的感染，预防是需要提高身体的预防的免疫功能，控制好血糖，有脓肿初起选用对症的适当的抗生素让脓肿尽快的消失。
普通细菌引起的肝脓肿，见于糖尿病患者或者是肿瘤病人，免疫力比较低下的情况下，肠道里面有很多细菌。免疫功能正常的时候，肠道细菌是不能通过肠黏膜进入血液循环的，但是在糖尿病和免疫功能比较低下的患者，肠道细菌透过肠道黏膜的屏障，进入到血液循环中，血液循环，通过门静脉回流到肝脏，细菌就在肝里面繁殖生长，形成脓肿。