做肠镜检查时间，根据病人的病情不同，操作者的经验不同，可能会有一些差别。多数顺利的情况下，做肠镜多数15分钟、20分钟就可以完成，但是由于人体肠道的长度，也会有一定的差别。
多数情况下成年人肠道大肠是在一米五左右，而且结肠大肠会有几个生理的弯曲，包括回盲部的往上是肝曲，横结肠以后还有脾区的弯曲，再到降结肠以后乙状结肠和直肠交界的弯曲，通常做肠镜经过弯曲的时候操作，有的肠道过长，有的肠力量，或者甚至有一些特殊情况，比如肠的憩室，都会给做肠镜带来一定的困难，但是对于经验丰富的肠镜检查医生，可以很顺利的进到回盲部，再做慢慢的退镜。因为退镜的时间也会有一定的要求，为了看得更清楚一般退镜时间，也会要求在6-9分钟，这样能够把每个肠段都会做比较清楚的检查。当然如果肠道准备不充分，有残留的粪质时候，对做肠镜也会带来一定的难度，所以不光检查的时候，有的还会要做清洗的操作，做清洗的操作，也会增加肠镜检查的时间。
如果肠道都是正常，没有异常情况下，那检查时间可能很顺利，也比较短，但如果有息肉，需要做进一步的病检，活检或者要切除的时候，这样的治疗时间又会更长，根据病损的部位以及操作的多少，时间也会有很大差异。